Leczenie chorób przewodu pokarmowego bywa zachowawcze, przy użyciu środków farmakologicznych i zastosowaniu odpowiedniej diety, oraz chirurgiczne.
Leczenie chirurgiczne prowadzone jest w przypadkach koniecznych, m.in. w niedrożności przewodu pokarmowego, zapaleniu ropnym wyrostka robaczkowego, przerostowym zwężeniu odźwiernika, olbrzymim jelicie grubym (choroba Hirschprunga), olbrzymim przełyku, przy korekcji szeregu wad wrodzonych.
Leczenie dietetyczne. Współczesne leczenie dietetyczne chorób przewodu pokarmowego opiera się nie tylko na podawaniu łatwo przyswajalnych składników, lecz także na zastępowaniu składników szkodliwych innymi, o równorzędnej wartości energetycznej i budulcowej, czyli na stosowaniu tzw. diety eliminacyjnej.
Dieta bezglutenowa polega na wyłączaniu z pożywienia produktów zawierających gluteny, tzn. białek roślinnych zawartych w otoczce zbóż (pszenicy, żyta, jęczmienia) i zastąpieniu ich produktami otrzymanymi z kukurydzy, ryżu i gryki.
Dieta bezlaktozowa jest to pożywienie pozbawione cukru mlekowego — laktozy, którą zastępuje się innymi cukrami, a mianowicie glukozą lub fruktozą.
Diety bezresztkowe są to preparaty odżywcze (np. Terapin Polfa) zawierające aminokwasy, fruktozę, tzw. średniołańcuchowe kwasy tłuszczowe, czyli składniki, które nie wymagają trawienia i tzw. czynnego transportu przez ścianę jelit, gdyż same przez nią przenikają. Nie dochodzi więc do tworzenia się kału.
Diety bezresztkowe są stosowane w stanach pooperacyjnych^ w żywieniu bardzo ciężko chorych dzieci w zamian żywienia dożylnego lub jako etap przejściowy po nim.
Dieta w uczuleniu na białka mleka polega na stosowaniu preparatów mlekozastępczych u dzieci nie znoszących mleka. Podawane jest tzw. „mleko sojowe” lub preparaty mleka, w których białka mleka krowiego zastąpiono ich hydrolizatem.
Żywienie pozajelitowe jest to podawanie produktów niezbędnych do życia dożylnie. Stosowane jest w stanach pooperacyjnych i w żywieniu najciężej chorych dzieci. Podstawowymi składnikami odżywczymi są tłuszcze roślinne specjalnie spreparowane, aminokwasy i fruktoza bądź glukoza. Inne składniki (witaminy, sole mineralne) uzupełniane są według potrzeb.
Wyrównywanie zaburzeń gospodarki wodno-elektrolitowej i kwasicy. Choroby przewodu pokarmowego (wymioty, biegunka) często prowadzą, zwłaszcza u noworodków i niemowląt, do stanów odwodnienia, kwasicy i niedoborów soli mineralnych (tzw. elektrolitów, np. związków sodu, potasu). Niedobory te wyrównywane są skutecznie w warunkach szpitalnych metodą nawadniania dożylnego metodą kroplową lub w warunkach domowych za pomocą płynu do nawadniania doustnego.