Do zagrażających życiu dziecka anomalii należą przede wszystkim wady powodujące niedrożność przewodu pokarmowego.

Wrodzona niedrożność przełyku. Wada ta polega na zaniku końcowej części przełyku, co powoduje niemożność prze­dostawania się pożywienia i płynów do żołądka. Nieprawidłowość ta często występuje wspólnie z patologicznymi połączeniami, czyli prze­tokami między przełykiem a tchawicą. Przy próbie pojenia, a zwła­szcza karmienia dziecka, prowadzi to do przedostawania się treści po­karmowej nie do żołądka, ale do płuc, powodując krztuszenie się, sini­cę, pienistą wydzielinę dookoła ust. Jeśli wada ta jest rozpoznana na­tychmiast po urodzeniu (próbne sondowanie żołądka), leczenie operacyjne ratuje życie dziecka.

Wrodzona niedrożność odbytu. Wada ta może być wywołana za­nikiem odbytu lub wytworzeniem się błony (analogicznie do błony dziewiczej w pochwie) utrudniającej bądź uniemożliwiającej oddawa­nie kału. Wadzie tej może towarzyszyć nieprawidłowe ujście odbytu do cewki moczowej (analogicznie do steku ptaków) albo (u dzie­wcząt) — do pochwy. Wada ta wymaga szybkiego leczenia chi­rurgicznego.

Niedokonany zwrot jelit. W jamie brzusznej płodu jelito rosnąc na długość nie może się zmieścić. Stąd też dochodzi do zwijania się pętli jelit (analogicznie do lin na okręcie). Nieprawidłowo dokonujące się w życiu płodowym tzw. zwroty pętli jelitowych mogą być przyczy­ną niedrożności jelit bądź utrudnionego oddawania kału. Najgroźniej­sze dla noworodka jest całkowite niedokonanie się zwrotów jelit — je­lita poprzez pępek wypadają na zewnątrz jamy brzusznej — i niepra­widłowe zwroty dwunastnicy (tzw. zespół Ladda) prowadzące do niedrożności początkowych partii jelit.

Zaniki odcinkowe jelit. Analogicznie do zaniku końcowej części przełyku czy odbytu może dojść do nieprawidłowych przewężeń, a na­wet całkowitego zaniku odcinków jelita cienkiego lub grubego. W te­go rodzaju rzadko spotykanych wadach niezbędne jest szybkie le­czenie chirurgiczne.

Niedrożność smółkowa. Ta postać niedrożności, rozwijająca się zazwyczaj już w łonie matki, spowodowana jest zatkaniem jelit przez korek zagęszczonej smółki, czyli pierwszego kału. Chorobą sprzyjającą tego rodzaju niedrożności jest mukowiscydoza. Roko­wanie jest bardzo poważne (zagrożenie życia), a leczenie polega na możliwie szybkiej interwencji chirurgicznej.